在运行过程由于水源的不同或季节的变化，特别是设备运行环境的影响，很容易被水基的微生物污染，水体和设备中微生物和菌类滋生较快，最终将导致设备表面的污堵，脱盐率和产水量下降，甚至对设备造成不可逆转的损坏，投加杀菌剂是避免设备系统污染的常规做法。
